La Edad Moderna
A principios del S. XVI los Reyes Católicos plantean una disyuntiva a los seguidores del Islam: deben convertirse al cristianismo o ser expulsados del país. La medida ya se había aplicado a los judíos en 1492 y hay que encuadrarla dentro de un proceso de búsqueda de la unidad religiosa en sus reinos, que hoy en día resulta difícil de entender. Si en el caso de los judíos se había producido una importante pérdida de población, calculándose en la mitad los que prefirieron emigrar a renunciar a su fe (algo que no habían previsto los reyes), los musulmanes no hicieron lo mismo. Puestos en la misma situación en 1502, la inmensa mayoría de los musulmanes murcianos, decide bautizarse y cambiar) de religión. Las aljamas del reino de Murcia se adelantaron a la Orden Real enviando a dos representantes, uno de Pliego y otro de Molina solicitando una conversión masiva y asegurando a los reyes su sumisión, en 1501. Es evidente que en estas condiciones el cambio obedece más a motivos políticos que a creencias personales. Las razones están en la necesidad de vivir en paz, pero también en el deseo de acceder a un estatuto jurídico superior, el del cristiano, que implicaba (o al menos así lo creían) una clara mejoría en las obligaciones fiscales (reales y señoriales).Con la conversión los mudéjares pasaron a ser considerados moriscos, con lo que esperaban mejorar sus condiciones en la relación señorial con la Orden a la que pertenecen, lo que en el caso de Archena se concreta en la reivindicación de pagar los mismos impuestos y cargas que los cristianos viejos de Calasparra. Ello dio lugar a un extenso pleito, que se inició en 1512, por el cual Pedro López Fajardo en nombre del concejo de Archena, insta al comendador a cumplir las condiciones prescritas en la carta otorgada por los Reyes Católicos e igualar el estatuto jurídico de los habitantes de Archena con los de Calasparra.
La prueba de que tras ser decretada la conversión obligatoria muy pocos moriscos optaron por la expulsión, es el crecimiento de la población en la Villa de Archena que pasa de los 85 habitantes de principios de siglo, a los 416 del final. El aumento demográfico implica un desarrollo paralelo de la superficie cultivada, facilitada por la laboriosidad y el dominio de las técnicas agrícolas, especialmente las de regadío, que permitieron crear una fértil huerta. El crecimiento demográfico y económico impulsó la racionalización de los regadíos y los litigios sobre el agua, que generalmente se resuelvían con el arbitraje de los ayuntamientos. Los conflictos tienden a complicarse en los casos en que las acequias atraviesan varios términos municipales: Archena, Ceutí, Alguazas y Cotillas, estarán perpetuamente en pleitos a lo largo del siglo XVI. Las tareas agrícolas ocupaban casi a la totalidad de la población, siendo las producciones más importantes el arroz, panizo, aceite, seda y cebada. La ganadería por el contrario, siempre tuvo en Archena poca implantación. En cuanto al comercio, sólo había una pequeña taberna donde se vendía vino y vinagre, un estanco de aguardiente, una carnicería y una tienda de especiería. Existían también dos molinos, uno para moler el arroz y el otro harinero, ambos propiedad de la Orden.
Tras la conversión el pueblo deja de regirse por la aljama o grupo de viejos que representaban a la comunidad. Ahora se puede constituir el típico Concejo castellano, formado por dos alcaldes ordinarios y dos regidores que eran elegidos anualmente por los propios cargos salientes.. El Concejo o regimiento castellano era muy poderoso por la gran cantidad de competencias que tenía, ya que regulaba casi todos los aspectos de la vida cotidiana, estableciendo los precios de los artículos de primera necesidad, dictando bandos de buen gobierno, etc. También concierne al Concejo el reparto del impuesto real y la gestión del patrimonio municipal. Las elecciones de los miembros del Concejo se celebraban en San Juan de Junio, hasta mediados del siglo XVIII, en que se hacen coincidir con el año natural. Los electores eran los mismos cargos salientes. Los nuevos alcaldes y regidores designaban a los llamados oficios concejiles, mayordomo de propios, alguacil, alcaldes de la Santa Hermandad, preceptor de bulas de cruzada y alguacil.
Además de estos cargos, existía un alcalde mayor, representante de la Orden de San Juan y directamente elegido por ella. También el escribano del número debía ser nombrado por La Orden, que igualmente tenía que confirmar las ordenanzas municipales y los cargos electos, lo que motivó un pleito en 1540 ante la Chancillería de Granada al no querer la Orden de San Juan, confirmar a los alcaldes elegidos, consiguiendo tras un largo proceso, en 1600 una sentencia favorable a la Villa. según la cual la Orden se debía limitar a ratificar a las personas elegidas. El señorío jurisdiccional que mantenía la Orden le permitía actuar, por medio del Alcalde Mayor en las causas civiles y criminales, tanto en primera instancia como en apelación. Además de al alcalde mayor, nombraba directamente al escribano y controlaba los tributos, recibiendo una parte fundamental del diezmo y otros impuestos. El párroco de Archena debía también ser miembro de la Orden de San Juan, lo que le concedía a la Parroquia autonomía respecto al obispado de Cartagena. Por su señorío territorial, la Orden era propietaria directa de ricos terrenos de regadío, situados muchos de ellos en las ricas tierras de La Algaida, de inmuebles como la Casa Grande (que vendió en el siglo XV), de monopolios como el molino o la venta, y de los Baños Termales. Compartía con los propios de la Villa el aprovechamiento de los montes y cerros municipales. Los derechos estrictos de señorío y vasallaje obligaban a los vecinos hacendados a pagar una gallina y seis maravedíes o sólo una gallina o su producto, si se carecía de hacienda.
